درباره آزمایشگاه مولکولی
در مقوله هایی مثل سلول درمانی، برخی از Contrast Agent ها به صورت غیر مستقیم در محیط آزمایشگاه سلول ها را نشان دار می کنند. نشان دار سازی سلول ها به طور غیر مستقیم بدین معنا می باشد که ژن پروتئینی را با وکتور وارد سلول کرده و آن سلول ژن را ترجمه و به پروتئین تبدیل می کند. این پروتئین بیان شده بر سلول مورد نظر ما می تواند آنزیم، کانال یا یک پروتئین فلئورسنت بر سطح غشا یا درون سیتوپلاسم باشد. مزیت این نوع نشان دار سازی نسبت به نشان دار کردن به صورت مستقیم این است که اگر سلول نشان دار شده تکثیر کند، باز هم ژن بیان کننده پروتئین در سلول های جدید وجود داشته و بلند مدت می توان سلول مورد نظر را ردیابی کرد. به طور مثال می توان ژن Luc که بیان کننده آنزیم لوسیفراز است را وارد سلول کرد و هر زمان که تصمیم گرفتیم تصویر بگیریم کافی است تا سوبسترای لوسیفرین را به حیوان تزریق کرده و نور حاصل از واکنش آنزیمی لوسیفراز را شناسایی کنیم.
بنابراین آزمایشگاه مولکولی آزمایشگاه پیش بالینی با هدف انجام این گونه خدمات تشکیل شده و با توجه به امکانات می تواند سایر تکنیک ها مانند الکتروفورز افقی و عمودی، وسترن بلات، اسپکتروفوتومتری، نانو دراپ و غیره را نیز به عنوان خدمات ارائه دهد.
دستگاه ها
الکتروفورز افقی
الکتروفورز آگارز نوعی از ژل الکتروفورز می باشد که در زمینه های بیوشیمی، ژنتیک و دیگر زیر گروه های سلولی و مولکولی جهت جداسازی انواع توالی DNA، RNA و پروتئین در یک بستر ایجاد شده با استفاده از ژل آگارز مورد استفاده قرار می گیرد. معمولا جداسازی مولکول های زیستی با اعمال نمودن یک میدان الکتریکی بر روی این بستر رخ می دهد. ژل های آگارز به راحتی قابل شکل گیری می باشند و مهم ترین گزینه جهت جداسازی انواع مختلف DNA در آزمایشگاه می باشند. DNA جداسازی شده را می توان با رنگ آمیزی زیر نور UV مشاهده نمود.
در سیستم های الکتروفورزی ساخت دنا ژن تجهیز انواع مدل های با کاربری آسان الکتروفورز افقی به منظور جداسازی اسیدهای نوکلئیک موجود می باشد. ژل های آگارز به راحتی با استفاده از سیستم ژل کستینگ مناسب تهیه می شوند.
کاربرد ها:
- تخمین اندازه مولکول های DNA بعد از برش با آنزیم های محدودالاثر
- آنالیز محصولات PCR
- جداسازی قطعات DNA برای استخراج و تخلیص
- جداسازی DNA ژنومی بریده شده قبل از انتقال ساترن و ...
![الکتروفورز افقی](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-1.jpg)
ژل کست
سیستم ژل کستینگ جهت سهولت در فرآیند تهیه ژل آگارز به عنوان دستگاه کمکی الکتروفورز افقی مورد استفاده قرار می گیرد.
![ژل کست](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-2.jpg)
منبع تغذیه الکتروفورز
دستگاه منبع تغدیه الکتروفورز مدل DGT-UNIVERSAL ساخت شرکت دناژن تجهیز، با طراحی بسیار دقیق، با کیفیت و امنیت بسیار بالا قابلیت تامین ولتاژ از ۰ تا ۶۰۰ ولت با دقت ۱ میلی آمپر دارا می باشد که قابلیت رقابت با بهترین برندهای روز دنیا را دارا می باشد. همان گونه که از اسم آن مشخص می باشد از این دستگاه جهت تامین ولتاژ مربوط به تکنیک های:
- SDS-PAGE ( Polyacrylamide Gel Electrophoresis)
- Agarose Electerophoresis
- Native Page
- DNA pulsed field electerophoresis
- Electroblotting
مورد استفاده قرار می گیرد. همچنین این دستگاه قابلیت کاربری برای تکنیک DNA Sequencing را دارا می باشد.
مینی سانتریفیوژ
دستگاه مینی سانتریفیوژ- ورتکس دستگاهی چندکاره می باشد که قابلیت انجام چندین فعالیت را به صورت همزمان دارد. در واقع دستگاه مینی فیوژ- ورتکس به گونه ای طراحی شده است که در شرایط حاد نیز قابلیت استفاده را داشته باشد. این دستگاه در زمینه های مختلف علوم زیستی مانند سلولی و مولکولی مورد استفاده قرار می گیرد. در واقع مینی سانتریفیوژ- ورتکس در زمینه های تحقیقاتی ذیل کاربرد های اساسی دارد:
کشت سلول، PCR، Genetic Engineering Research، نانوبیوتکنولوژی، بیولوژی مولکولی، مهندسی شیمی و ...
![منبع تغذیه الکتروفورز](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-3.jpg)
ترموبلاک
دستگاه ترموبلاک یا انکوباتور حمام خشک( Dry-Bath Incubator) جهت انکوباسیون نمونه ها در دمای خاصی به کار برده می شود. این دستگاه دارای کاربردهای وسیعی در زمینه های علوم زیستی مانند بیوتکنولوژی، ژنتیک، بیوشیمی، میکروبیولوژی و ... می باشد. این دستگاه جایگزین بسیار مناسبی برای بن ماری می باشد چرا که اولا آلودگی را به حداقل رسانده و ثانیا دقت دمایی آن بسیار بالاتر است. همچنین بدلیل استفاده از تکنولوژی پلتیر رسیدن به دمای مورد نظر بسیار سریع تر اتفاق می افتد. دقت دمایی این دستگاه در حد یک دهم درجه سانتیگراد می باشد و قادر است از دمای ۰ تا ۱۰۰ درجه را تامین نماید. به صورت پیش فرض بلاک دارای ظرفیت بارگیری نمونه های ۲/۰، ۵/۰ و ۵/۱ میلی لیتر بر روی دستگاه قرار گرفته است.
![ترموبلاک](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-4.jpg)
تانک الکتروفورز عمودی
تانک های الکتروفورز عمودی جهت جداسازی پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک می باشد. مدل تانک های الکتروفورز شرکت دنا ژن تجهیز به گونه ای طراحی شده است که نیاز به گیره و سیستم های قدیمی جهت تهیه ژل را کاملا مرتفع نموده است. در واقع در درون خود دستگاه ژل تهیه می شود و پس از آن ژل را در محفظه تانک قرار داده و دستگاه را جهت جداسازی مولکول ها به منبع تغذیه متصل می نمایند.
دستگاه تانک الکتروفورز عمودی شرکت دنا ژن تجهیز به صورت پکیج کاملی که شامل محفظه تانک، مادول ران کننده ژل، درب تانک، شیشه ها جهت تهیه ژل، کامب، سیم رابط، اسپیسر ها، تخته ژل و کاردک جداکننده ژل می باشد.
مادول ران کننده ژل به گونه ای می باشد که به صورت مستقیم ژل ریزی صورت می گیرد و دستگاه جهت جداسازی مولکول ها در تانک قرار می گیرد.
جهت راحتی عمل تهیه ژل اسپیسر دستگاه ها به صورت پیش فرض به شیشه مربعی چسبیده است. این اسپیسر دارای ضخامت ۱ میلی متر می باشد.
سیم های رابط دستگاه الکتروفورز عمودی به گونه ای طراحی شده اند که با کلیه منبع تغذیه های روتین مورد استفاده در آزمایشگاه قابلیت اتصال دارند.
سیستم سیرکولاتور موجود در دستگاه قابلیت حفظ دمای محفظه و جلوگیری از گرم شدن دمای محفظه را دارد و نیاز به سیستم چیلر جهت خنک شدن را مرتفع می نماید. همراه هر دستگاه یک عدد کامب روتین تانک های الکتروفورز عمودی می باشد.
![تانک الکتروفورز عمودی](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-5.jpg)
دستگاه وسترن بلات
دستگاه وسترن بلات ساخت دنا ژن تجهیز با مطالعه دقیق بهترین مدل های خارجی و نیز استفاده از تکنولوژی روز دنیا طراحی و تولید گردیده است.
در تکنیک بلاتینگ باند های پروتئینی از ژل به غشایی مانند نیتروسلولز که قابلیت اتصال و تثبیت پروتئین ها را دارد، منتقل می شوند. در عمل بلاتینگ مولکول های پروتئین از زمینه ژل خارج می شوند و در سطح غشا در همان موقعیت قرار می گیرند. از این رو به سادگی و با مقدار کمتری از مواد می توان به مطالعه آن ها پرداخت، یا آن ها را جدا نمود و مورد استفاده قرار داد. به منظور تشخیص پروتئین ها یا آنزیم های منتقل شده به غشا می توان از لیگاند های اختصاصی یا سوبستراهای مربوطه استفاده کرد. آنتی بادی ها از متداول ترین موادی هستند که برای تشخیص اختصاصی پروتئین ها در غشا به کار می روند. از همین رو چنین روش هایی به ایمونوبلاتینگ معروف هستند.
![دستگاه وسترن بلات](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-6.jpg)
اسپکتروفوتومتر
آنالیزور چند منظوره، پلیت ریدر، نانودراپ و اسپکتروفوتومتر به گونه ای طراحی شده است که قابلیت انجام بازه وسیعی از آنالیزهای زیستی، از اندازه گیری کمی اسید نوکلئیک ها و پروتئین ها در حجم میکرونی گرفته تا تست های پایه سلولی در میکروپلیت ها و یا کووت های استاندارد را دارد. برای مثال، تست های رایج ELISA و بیوشیمی در میکروپلیت های ۹۶ تایی می تواند با سرعت بالا و در زمان یک دقیققه و به دقت فراوان اندازه گیری شود. این دستگاه با عملکردی بالا اندازه گیری های طیف UV/VIS را در یک طراحی فشرده برای ۹۶ چاهک به انجام می رساند و قابلیت اندازه گیری OD در هر طول موجی بیت ۲۰۰ تا ۹۰۰ نانومتر را دارد. همچنین با اضافه کردن پلیت نانو مبنا به سیستم، تمامی آزمایشات رایج بیومولکولی ( خلوص DNA/RNA) و بیوشیمی در حجم کمی از نمونه ( ۳ میکرولیتر) در ۱۶ سایت و یا پنل موازی قابل انجام است. با استفاده از این آنالیزور می توان در حیطه های مختلف تشخیصی ایمونولوژی، ژنتیک و بیوشیمی نیز بهره برد.
اساس عملکرد این آنالیزور بر پایه اسپکتروفوتومتری یا طیف سنجی است. یک اسپکتروفوتومتر شدت نور را به صورت تابعی از طول موج اندازه گیری می کند. این کار با تجزیه پرتو نور به طیف طول موج ها و اندازه گیری شدت هر طول موج با آشکار ساز و نمایش نتایج یه صورت نمودار انجام می شود. در آنالیزور های نوری مبتنی بر طیف سنجی با محاسبه مقدار جذب (Absorbance) یا OD (Optical density) که از شدت نور عبوری از نمونه محاسبه می شود، می توان مقدار ماده مجهول را بطور کمی محاسبه کرد. بر اساس قانون بیر- لامبرت مقدار ماده مجهول متناسب با OD و طول نوری ظرف حاوی نمونه می باشد. برای این منظور باید طول موج جذب ماده مجهول ( با معرف شیمیایی یا بدون معرف شیمیایی) را بدانیم. برای کامل شدن اندازه گیری کمی نیاز است که قبل از تست، نمونه های با درصد معلوم آنالیت را به آنالیزور معرفی نموده و منحنی کالیبراسیون را رسم کنیم.
![اسپکتروفوتومتر](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-7.jpg)
نانودراپ
نانودراپ نوعی دستگاه اسپکتروفوتومتر در آزمایشگاه مولکولی است که می توان غلظت های مولکول های DNA، RNA و پروتئین را با حجم ۱ تا ۲ میکرولیتر از نمونه را بدست آورد. این دستگاه می تواند با دقت یک نانومتر طیف جذبی نوری ماده در زمان کوتاهی تعیین کند.
ژل داک
دستگاه ژل داک Gel documentation
این سیستم دریافت تصویر از ژل الکتروفورز فلئورسانس شامل دستگاه ژل داک Vilber lourmet، دوربین CCD کامپیوتر، صفحه نمایش و دارای نرم افزار Quantum Capture می باشد. نحوه کار دستگاه بدین صورت است که در محفظه اتاق تاریک ژل داک نور UV-B با طول موج ۳۱۲ نانومتر به نمونه برخورد کرده و پس از برانگیختگی نمونه مورد نظر، نور ساطع شده از آن را پس از عبور از فیلتر F590 برای اتیدیوم بروماید سبز توسط دوربین CCD ثبت و تصویر نمونه را در نرم افزار نمایش می دهد. این دستگاه دارای لامپ نور سفید نیز می باشد که می تواند تصویر معمولی نمونه را نیز دریافت کند. لامپ UV تعبیه شده نیز ۲ حالت Low و High دارد. به طور مثال در نمونه های حساس یا نمونه هایی که قرار است DNA آن ها استخراج و وارد مرحله دیگری شود، می توان از حالت Low استفاده کرد تا کمترین آسیب به DNA مورد نظر وارد شود. اگر صرفا قصد تصویربرداری از نمونه بدون مرحله دیگری باشد می توان نور را به حالت High قرار داده و تصویری با شدت و کیفیت بهتری را ثبت کرد.
![ژل داک](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-8.jpg)
آون (فور)
فور دستگاهی است که جهت استریل، خشک و تست کردن نمونه های آزمایشی در آزمایشگاه ها و مراکز مختلف مورد استفاده قرار می گیرد.
دستگاه فور پارس آزما دارای کنترولر پیشرفته و دقیق دیجیتالی( میکروپروسسور) و قابل برنامه ریزی می باشد. جداره داخلی دستگاه از ورق استیل ضد زنگ و جداره بیرونی از ورق فولادی ساخته شده است. جهت عایق بندی دما از مواد مناسب استفاده شده و بدنه دستگاه با رنگ الکترواستاتیک اپوکسی بسیار مقاوم رنگ آمیزی گشته، دستگاه از سیستم سیرکولاتور جهت یکنواخت شدن دمای داخل محفظه در تمامی زوایا برخوردار می باشد. طبقات دستگاه متحرک بوده و درب دستگاه نیز عایق بندی شده است. چفت در و لولا ها متناسب با دستگاه طراحی و ساخته شده اند. دارای آلارم انتهای پروسه می باشد. این دستگاه در ابتدای شروع به کار کلیه المان های خود را تست کرده و در صورت بروز اشکال هیتر را قطع کرده و با آلارم به اطلاع کاربر می رساند. در این دستگاه به منظور جلوگیری از ازدیاد دما و ایجاد اشکال در سیستم، از ترموستات ایمنی استفاده گردیده است. کلیه قطعات الکترونیکی، الکتریکی و ... به کار رفته در این دستگاه از شرکت های معتبر جهان که دارای استاندارد های ملی و بین المللی هستند، تهیه شده است.
![آون (فور)](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-9.jpg)
سانتریفیوژ
![سانتریفیوژ](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-14.jpg)
یخ ساز
![یخ ساز](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-15.jpg)
اتوکلاو
![اتوکلاو](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-16.jpg)
هود شیمی
![هود شیمی](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-18.jpg)
یخچال و فریزر منفی ۲۰
![یخچال و فریزر منفی ۲۰](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-19.jpg)
اولتراسونیک
![اولتراسونیک](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-20.jpg)
هات پلیت
![هات پلیت](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-21.jpg)
میکروفیوژ
![میکروفیوژ](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-22.jpg)
انکوباتور شیکردار
![انکوباتور شیکردار](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-23.jpg)
انکوباتور۱۲۰ لیتری حیوانات
![انکوباتور۱۲۰ لیتری حیوانات](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-24.jpg)
لام نئوبار
![لام نئوبار](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-27.jpg)
ترازو دیجیتالی
![ترازو دیجیتالی](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-28.jpg)
pH متر
![pH متر](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-29.jpg)
ورتکس
![ورتکس](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-30.jpg)
سمپلرهای ثابت و متغیر
![سمپلرهای ثابت و متغیر](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-31.jpg)
هیتر
![هیتر](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-32.jpg)
روتاری
![روتاری](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-34.jpg)
خدمات
الکتروفورز DNA
الکتروفورز ژل آگارز یک راه موثر برای جداسازی قطعات DNA با اندازه های مختلف از ۱۰۰ جفت باز تا ۲۵ هزار جفت باز می باشد. در طی تشکیل ژل، پلیمر های آگارز به صورت غیر کووالانسی به هم متصل شده و شبکه ای از منافذی را تشکیل می دهند که می تواند مانند الک مولکول ها را بر اساس اندازه از خود عبور دهد. برای جداسازی DNA با استفاده از الکتروفورز، DNA در چاهک هایی از پیش ساخته شده در ژل بارگذاری و جریانی اعمال می شود. گروه فسفات مولکول DNA دارای بار منفی است که موجب می شود در میدان الکتریکی مولکول های DNA از کاتد با بار منفی به آند با بار مثبت مهاجرت کند. بدلیل اینکه مولکول DNA دارای نسبت جرم به بار یکنواختی دارد، مولکول های DNA بر اساس اندازه در ژل آگارز به گونه ای جدا می شوند که مسافت طی شده با وزن مولکولی آن نسبت معکوس دارد. سرعت مهاجرت یک مولکول DNA از طریق ژل با موارد زیر تعیین می شود:
- اندازه مولکول DNA
- غلظت آگارز
- ساختار DNA
- ولتاژ اعمال شده
- وجود اتیدیوم بروماید یا Safe stain
- نوع آگارز
- بافر الکتروفورز
کاربرد های آن:
- جداسازی و به تصویر کشیدن نمونه های DNA
- وجود قطعه DNA محصول PCR
- تعیین اندازه قطعه DNA با کمک Ladder
- تعیین حدودی مقدار DNA از میزان شدت باند آن
- تمیز بودن نمونه ها با توجه به وجود یا عدم وجود Smear
- جداسازی قطعات DNA برای ساترن بلات
تصاویر:
![molecular laboratory 1](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-services-1.jpg)
شکل 1: چاهک های آماده دریافت نمونه ها در ژل آگارز دارای DNA Safe Stain
![molecular laboratory 2](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-services-2.jpg)
شکل 2: نمونه Ladder با فواصل ۱۰۰۰ جفت باز در ژل آگارز
![molecular laboratory 3](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-services-3.jpg)
شکل 3: نحوه قرارگیری شانه به روی ژل آگارز با هدف ساخت چاهک ها
![molecular laboratory 4](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-services-4.jpg)
شکل 4: مهاجرت رنگ های بروموفنول بلو و زایلن سیانو در میدان مغناطیسی
![molecular laboratory 5](/uploads/molecular-laboratory/molecular-laboratory-services-5.jpg)
شکل 5: دستگاه ژل داک برای تصویربرداری از باند های DNA